Tra fine ottobre 2008 e fine gennaio 2009 sono stati eseguiti interventi di manutenzione su Costa Serena, Costa Europa, Costa Atlantica (a Palermo), Costa Romantica (Genova) e Costa Fortuna  (Trieste).

In particolare Costa Serena (114.500 tonnellate di stazza e 3.780 Ospiti totali), ammiraglia della compagnia e della flotta passeggeri italiana, è stata l'ultima nave Costa a fermarsi in bacino, dal 28 gennaio all'11 febbraio 2009, nello stabilimento Fincantieri di Palermo. Sono due gli interventi più rilevanti in corso, che hanno l'obiettivo di ridurre i consumi di energia e di carburante a bordo. Il primo riguarda l'installazione nell'impianto di condizionamento di speciali regolatori, già in uso su Costa Fortuna. Questi dispositivi permetteranno di aumentare l'efficienza del sistema di aria condizionata nelle aree pubbliche: l'intensità dell'aria condizionata si regolerà automaticamente in funzione della presenza di persone nell'area pubblica e della temperatura esterna. Il secondo intervento è relativo all'applicazione allo scafo di una speciale vernice ecologica al silicone, che riduce il formarsi di microrganismi sullo scafo senza rilasciare sostanze tossiche in mare, aumentandone le prestazioni idrodinamiche e riducendo così l'impatto ambientale derivato da un minor utilizzo di carburante .

Gli altri interventi previsti su Costa Serena, e quelli eseguiti sulle altre 4 navi, sono lavori di manutenzione ordinaria, che la compagnia svolge regolarmente ogni due anni a bordo delle proprie navi per mantenere gli elevati standard qualitativi della sua flotta e rispettare le norme di sicurezza italiane e internazionali. Interessano sia la parte "scafo e macchina" che quella "hotel". Per ciò che riguarda la parte hotel, è prevista la sostituzione, nelle aree pubbliche e nelle cabine, di moquette, tendaggi, tessuti ed altri oggetti e materiali sottoposti ad usura.